Nelle edizioni critiche moderne, a partire dal 1700, si è adottato un sistema di classificazione dei manoscritti su pergamena attraverso numeri o lettere:

- i manoscritti in maiuscola furono indicati con lettere maiuscole dell'alfabeto latino (A,B,C,D, ecc.) e, non bastando, anche dell'alfabeto greco (alfa, beta, ecc.);

- i manoscritti in minuscola, più numerosi, furono indicati con numeri arabi;

- per i manoscritti in maiuscola, quando non bastarono più le lettere dei due alfabeti, si pensò di indicarli anch'essi con numeri arabi preceduti da uno zero (01, 02, ecc.): perciò essi hanno oggi una doppia indicazione negli elenchi. Questo sistema risulta molto più pratico di quello adottato un tempo, quando i manoscritti in maiuscola erano indicati con denominazioni che facevano riferimento

- al luogo di provenienza (Codex-Alexandrinus [oggi A o 02]: proveniente da Alessandria),

- al luogo di conservazione (Codex Vaticanus [oggi Bo 03]: della Biblioteca Vaticana),

- al nome del proprietario (Codex Bezae [oggi Do 05]: trovato da Teodoro Beza),

- a particolarità ( Codex Ephraemi rescriptus [ oggi C o 04]: palinsesto, manoscritto del NT raschiato e riutilizzato per trascrivere l'opera di Efrem).

Per quanto riguarda i papiri la sigla usata è P (spesso scritta in carattere gotico) seguita da un numero in esponente: ad es. P(45).

- I lezionari sono indicati con una elle corsiva (l) seguita dal numero d'ordine dato da chi li ha classificati.

Le traduzioni sono indicate con abbreviazioni in lettere latine minuscole: it (= Itala, antiche versioni latine prima della Vulgata), vg (= Vulgata), latt (= tutte le versioni latine), sy (=traduzioni siriache)-, ecc. Sempre con lettere-latine minuscole sono indicati singoli manoscritti delle versioni latine più antiche (a, b. c,-ecc. ).

Le citazioni patristiche sono indicate con abbreviazioni dei nomi dei Padri: Ir ( = Ireneo), Or ( = Origene), ecc.

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